L’UFR des Sciences de la Santé propose des cursus complets jusqu’aux diplômes d'Etat en médecine, pharmacie, maïeutique, et des diplômes paramédicaux (soins infirmiers, orthophonie...) ainsi que des Licences Professionnelles et Masters.
Elle propose aussi de la formation continue pour les professionnels déjà en exercice.
L’UFR Santé est dotée de locaux neufs et agréables situés à proximité du Centre hospitalier régional universitaire (CHRU) de Besançon. Ces deux structures collaborent pour la formation des étudiants et dans le cadre de programmes de recherche. La bibliothèque universitaire dédiée à la santé se trouve également sur ce même campus des Hauts du Chazal. En termes d’effectifs étudiants, c’est la composante la plus importante de l’Université de Franche-Comté (6000 étudiants).